В този блог http://blog.neutron.sharpstyle.com/2007/07/08/installing-assembly-into-the-gac-programmatically/ попаднах на информация как да регистрираме програмно .NET assembly в Windows GAC.
Всъщност това се оказа доста лесно и се постига с помощта само на един ред:
new System.EnterpriseServices.Internal.Publish().GacInstall(”myassembly.dll”);